SIGDIUS Seminar

Special Interest Group Data Infrastructure
[Foto: © PantherMedia / Sashkin7]

 

An der Universität Stuttgart gibt es eine zunehmende Anzahl von Arbeitsgruppen, die für ihre experimentellen Arbeiten ein Labor-Informations-Management-System / elektronisches Laborbuch (LIMS/ELN) oder für Simulationsarbeiten ein Dokumentationssystem einsetzen wollen, das den FAIR Data Principles genügt. Solche Systeme dienen der Datenintegration und erleichtern insbesondere die Anbindung von experimentell erfassten Daten an die jeweils verwendete Modellierungsumgebung.

Die Entwicklung von Methoden, Standards und Werkzeugen des Forschungsdatenmanagements (FDM) ist zurzeit sehr dynamisch, die Wissenschaftsbereiche sind in Bezug auf Prozesse und Standards fragmentiert. Diese Fragmentierung äußerst sich insbesondere in einer Zahl von etwa 300 existierenden LIMS/ELN-Produkten, die einerseits sehr spezifische Lösungen für einzelne Anwendungsbereich bieten, andererseits versuchen, ein breites Spektrum an Anwendern bedienen zu können. Eine Auswahl der jeweils geeigneten FDM-Strategie ist unter diesen Bedingungen schwierig.

Die Special Interest Group Data Infrastructure bietet interessierten Arbeitsgruppen, die auf Arbeitsgruppen- oder Institutsebene eine FDM-Infrastruktur aufbauen oder weiterentwickeln wollen, ein Forum. Dazu laden wir zu einem monatlichen SIGDIUS-Seminar ein, zu dem wir interne und externe Experten für Vortrag und Diskussion einladen, in dem jedoch vor allem die SIGDIUS-Mitglieder die Möglichkeit erhalten sollen, ihre Erfahrungen mit konkreten FDM-Infrastrukturen auszutauschen.

Das SIGDIUS-Seminar findet jeweils wie folgt statt:

Tag: am ersten Mittwoch jeden Monats
Ort: SimTech-Gebäude (Pfaffenwaldring 5a), Seminarraum 0.009
Uhrzeit: 14:00 bis 16:00 Uhr

 

Veranstaltungen SoSe 2020

Kurzvorstellung: Leonardo Gizzi (IMSB) "Treating neuromechanical data for reproducibility: the hard lesson I am learning"

Weitere Informationen folgen.

Kurzvorstellung: Guido Reina (VISUS): "Research software sustainability for the open-source particle visualization framework MegaMol"

Weitere Informationen folgen.

Veranstaltungen WS 2019/2020

SEEK/FAIRDOMHub is a data management platform for interdisciplinary projects to support the storage and exchange of data and models from research partners based on the FAIR principles. The SEEK software can be installed, run and further developed as an own instance but there is also the web-accessible public Commons platform FAIRDOMHub (https://fairdomhub.org/), offering public information and password protected user collaboration spaces. The SEEK data management system supports a yellow pages catalogue for people, projects and skills; and a commons for projects’ data files, models, SOPs/lab protocols, workflows, samples, and other assets. The project assets are structured using the ISA (Investigation, Study, Assay) standard. A variety of data security levels allow controlled access and secure sharing between project partners; a variety of dissemination mechanisms are supported such as DOIs and export. SEEK/FAIRDOMHub is used in many different national and international research projects and is an integral member of several infrastructure initiatives (e.g. ELIXIR, German Network for Bioinformatics Infrastructure - de.NBI).

Ulrike Wittig has a background in biochemistry and received her Ph.D. in biology for the experimental work on mechanisms of apoptosis and oxidative stress in mammalian cells. She is a research associate in the Scientific Database and Visualization group at the Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS), Germany. For more than 20 years she is active in the development of biological databases, database curation and data management. She is member of the Systems Biology Service Center of de.NBI /ELIXIR-Germany and of the FAIRDOM initiative. Ulrike Wittig is getting involved with the Biocuration community and as a member of the STRENDA commission she actively supports the initiative for Standards for Reporting Enzymology Data.

Björn Schembera (HLRS): "ExtractIng - Automated metadata extraction for computational engineering applications and high-performance computing"

 Jürgen  Pleiss
apl. Prof. Dr. rer. nat.

Jürgen Pleiss

Principal Investigator (EXC)

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