Prof. Dr. rer. nat.

Nicole Radde

Direktorium, Principal Investigator (EXC), Fellow (SC), Koordinatorin PN 2
Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik

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Pfaffenwaldring 9
70569 Stuttgart
Deutschland
Raum: 2.243

Fachgebiet

  • Dynamic modeling of intracellular regulation processes
  • Statistical sampling-based approaches for parameter estimation and uncertainty quantification
  • Analysis methods for intracellular regulation networks based on their network topology

Ausgewählte Publikationen

  1. A. Jensch, C. Thomaseth, and N. Radde. “Sampling-based Bayesian approaches reveal the importance of quasi-bistable behavior in cellular decision processes on the example of the MAPK signaling pathway”. In: BMC Systems Biology 11.11 (2017).
  2. E. Geissen, J. Hasenauer, S. Heinrich, S. Hauf, F. J. Theis, and N. Radde. “MEMO – multi-experiment mixture model analysis of censored data”. In: Bioinformatics 32.16 (2016), pp. 2464–2472.
  3. P. Weber, M. Hornjik, M. A. Olayioye, A. Hausser, and N. Radde. “A computational model of PKD and CERT interactions at the trans-Golgi network of mammalian cells”. In: BMC Systems Biology 9.9 (2015).
  4. A. Kramer, B. Calderhead, and N. Radde. “Hamiltonian Monte Carlo Methods for Efficient Parameter Estimation in Steady State Dynamical Systems”. In: BMC Bioinformatics 15.253 (2014).
  5. A. Kramer, V. Stathopoulos, M. Girolami, and N. Radde. “MCMC_CLIB: An advanced MCMC sampling package for ODE models”. In: Bioinformatics 30.20 (2014), pp. 2991–2992.
  6. S. Heinrich, E. Geissen, J. Kamenz, S. Trautmann, C. Widmer, P. Drewe, M. Knop, N. Radde, J. Hasenauer, and S. Hauf. “Determinants of robustness in spindle assembly checkpoint signalling”. In: Nature Cell Biology 15.11 (2013), pp. 1328–1339.
  7. C. Thomaseth, P. Weber, T. Hamm, K. Kashima, and N. Radde. “Modeling sphingomyelin synthase 1 driven conversion of ceramide to sphingomyelin at the Golgi apparatus can be explained by a positive feedback mechanism”. In: Journal of Theoretical Biology 337 (2013), pp. 174–180.
  8. N. Radde. “Analyzing fixed points of intracellular regulation networks with interrelated feedback topology”. In: BMC Systems Biology 6.57 (2012).
  9. P. Weber, C. Dingler, A. Kramer, and N. Radde. “Trajectory-oriented Bayesian experiment design versus Fisher A-optimal design: an in depth comparison study”. In: Bioinformatics 28.18 (2012), pp. i535–i541.
  10. N. Radde. “Fixed point characterization of biological networks with complex graph topology”. In: Bioinformatics 26.22 (2010), pp. 2874–2880.

Arbeitserfahrung

  • seit 2017 Gleichstellungsbeuftragte der Universität Stuttgart
  • seit 2015 Professorin für Systemtheorie in Systembiologie, Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik (IST) und Stuttgart Centre for Simulation Sciences, Universität Stuttgart
  • 2011, 2013 Elternzeit
  • 2008–2014 SimTech Juniorprofessorin für Systemtheorie in Systembiologie, Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik (IST), Universität Stuttgart
  • 2007–2008 Postdoktorandin am Institut für Medizininformatik, Statistik und Epidemiologie, Universität Leipzig
  • 2003–2007 Wissenschaftliche Hilfskraft am Zentrum für Angewandte Informatik, Universität Köln

 

Ausbildung und Akademische Grade

  • 2007 Dr.rer.nat.,Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, Universität Köln
  • 2002 “Erstes Staatsexamen” für Gymnasium in den Fächern Physik und Mathematik, TU Darmstadt
  • 2002 Diplom in Physik, TU Darmstadt
  • 1998–2002 Physikstudium, TU Darmstadt
  • 1996–2002 Physik- und Mathematikstudium auf Lehramt, TU Darmstadt
  • 2012 Invited participation am Dagstuhl Seminar “Symbolic Methods for Chemical Reaction Networks”, Nov 11–16 2012, Schloss Dagstuhl, Wadern
  • 2012 Stipendium der Alexander von Humboldt Foundation zur Teilnahmne am “3. Brazilian-German Frontiers of Science and Technology Symposium”, Brasilia, Brasilien, Nov 8–11 2012.
  • 2009 Best Paper Award, 9th International Conference on Computing Anticipatory Systems (Casys09), Liege, Belgium, August 2009.
  • 2005 DAAD für einen zweimonatigen Aufenthalt “Bioscience Division”, Los Alamos National Laboratories, Los Alamos, NM, USA, 9/2005–10/2005.
  • Mitglied des Prüfungsgremiums der Gründerinitiative “Life? – A fresh scientific approach to the basic principles of life”, Volkswagen Stiftung (2016)
  • Mitglied des Arbeitskomittees "Lehre” der Fachkommission Ingenieurwissenschaften @BW2025 des BW Ministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst (2015)
  • Vorsitz und örtliche Organisation der Physics School “The Physics behind Systems Biology”, Jacobs Universität Bremen, Wilhelm und Else Heraeus Stiftung (2015)
  • Jurymitglied “Add-On Fellowship for Interdisc. Science”, Joachim-Herz-Stiftung (seit 2015)
  • Jurymitglied “Deutschlandstipendium”, Bundesministerium für Bildung und Forschung (2014–2016)
  • Mitglied des Arbeitskomittees “Qualitätssicherungskonzepte für den echten Tenure Track” of the BW Ministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst (2014)
  • Forschungsleiter und Fachbeiratsmitglied des EXC 310 “Simulation Technology” (seit 2012)
  • Vorsitz und örtliche Organisation des GmdS/IBS Workshops zu “Statistical and dynamical models in biology and medicine”, Universität Stuttgart (2012)
  • Mitglied der GmdS/IBS Arbeitsgruppe “Statistical methods in Bioinformatics” (seit 2010)
  • 2010–2013: Mitglied des Managementteams der Arbeitsgruppe
  • seit 2009: Direktoriumsmitglied des Stuttgart Research Center Systems Biology (SRCSB), vorher Center Systems Biology (CSB)
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