PN 7: Dynamics and modelling in systems biology
Koordinatoren: Prof. Dr.-Ing. Frank Allgöwer, Prof. Dr. rer. nat. Guido Schneider
Beteiligte Research Areas: C, D
Anzahl Projekte: 5 + 2 JP-Anschubprojekte
Die Systembiologie stellt einen wesentlichen Paradigmenwechsel auf dem Gebiet der Lebenswissenschaften dar, was potenziell weitreichenden Nutzen für die Gesellschaft mit sich bringt. Besonders die Medizin, die Pharmazie, die Prozessindustrie und die Landwirtschaft können erheblich von der Implementierung der Systembiologie profitieren. In diesem Sinne zielt das Projektnetzwerk 7 auf einen Übergang von der klassischen beschreibenden Biologie hin zu einer hauptsächlich systembiologischen Sichtweise von Lebewesen, insbesondere bei der Entwicklung von Methoden, Hilfsmitteln und dem Verständnis, inwiefern moderne Simultionstechnologie einen Beitrag zu diesem Fortschritt leisten kann. Um dieses Ziel zu erreichen, konzentriert sich die Forschungsarbeit des Projektnetzwerks 7 auf zwei Aspekte:
- Die Anpassung bestehender und neuer Methoden der Simulationstechnologie auf deren Anwendung bei Problemstellungen der Systembiologie, um ein quantitatives dynamisches Modell biologischer Prozesse zu erzielen sowie eine Vorraussage über deren Verhalten treffen zu können.
- Die Entwicklung neuer Methoden im Bereich der Simulationstechnologie ausgehend von neuen Problemklassen und Herausforderungen, die sich aus der Forschung in der Systembiologie ergeben.
Mit diesen Zielsetzungen streben wir eine enge Verknüpfung zwischen Methoden der Simulationstechnologie und der Forschung auf dem Gebiet der Systembiologie an, um auf diese Weise die feste Eingliederung der Systembiologie in die Lebenswissenschaften zu ermöglichen.
Alle Projekte im Projektnetzwerk 7 in der Übersicht:
7-1
Analysing biological systems with interlocked feedback circuits
Projektleiter: JP Dr. rer. nat. Nicole Radde
Mitarbeiter: Dipl.-Phys. Andrei Kramer
Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik
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7-2
Comparison of modelling in systems biology
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Guido Schneider
Mitarbeiter: Dipl.-Math. Markus Daub
Institut für Analysis, Dynamik und Modellierung
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7-3
Dynamical behaviour of complex systems
Projektleiter: Prof. Dr.-Ing. Frank Allgöwer
Mitarbeiter: Dipl.-Ing. Jan Hasenauer
Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik
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7-4
Modelling and simulation of TNF-receptor clustering
Projektleiter: Prof. Dr. rer. nat. Peter Scheurich, Dr. rer. nat. Christina Surulescu
Mitarbeiter: Dipl.-Biol. Simon Neumann, Dipl.-Math.techn. Christian Winkel
Institut für Zellbiologie und Immunologie, Institut für Angewandte Analysis und Numerische Simulation
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7-5
Project Parameter Identification: Efficient methods for Parameter Identification in Differential Equation Models
Projektleiter: Prof. Dr. Barbara Kaltenbacher, JP Dr. rer. nat. Nicole Radde, Prof. Dr. rer. nat. Barbara Wohlmuth
Mitarbeiter: Dipl.-Math. Jonas Offtermatt
Institut für Stochastik und Anwendungen, Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik, Institut für Angewandte Analysis und Numerische Simulation
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7-6
Investigation of possible oligomeric structures of tumor necrosis factor with its receptors TNF-R1 and TNF-R2 and estimation of the stability of these structures (JP-Anschubprojekt)
Projektleiter: JP Dr. rer. nat. Johannes Kästner
Institut für Theoretische Chemie
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7-7
Modeling regulation mechanisms in secretory pathways: A data- and knowledge-based modeling approach for regulation mechanisms in secretory pathways (JP-Anschubprojekt)
Projektleiter: JP Dr. rer. nat. Nicole Radde
Mitarbeiter: Dipl.-Ing. Patrick Weber
Institut für Systemtheorie und Regelungstechnik
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